迈向热量计大师之路 Vol.8 用DSC测量RNase A!(第二部分)

迈向热量计大师之路 Vol.8
用DSC测量RNase A!(第二部分)

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本文涉及的人物和故事均为虚构。
关于技术内容的建议,由大阪府立大学荣誉教授深田先生提供。


通过页面底部的“下载”按钮,可以下载本文中提到的VP-DSC分析步骤。


(从第一部分继续

第二天早上,中村先生到达实验室时,系统已经完成了第10次扫描,正在降温。
控制测量的基线很稳定。当温度降到大约30℃时,取下压紧盖,填充样品。使用ThermoVac进行样品的脱气,使用定时器。脱气完成后,取下压紧盖,设置压紧传感器上的压力插头。此次不使用填充漏斗,直接将配有鲁尔盖针筒的针头小心插入,不碰到底部,从样品池中抽出缓冲液。完成脱气样品的装填。经过15分钟的预扫描恒温后,进行最后平衡。DP值接近零,没有问题!
中村先生,进展顺利吗?
是的,DP值似乎没有问题。现在只需等待测量结果。
顺便问一下,你更改了扫描次数吗?
啊,我忘了。需要将数字更改为11,然后点击“更新运行参数”。好险。
即使在测量开始后也是没有问题的。不过,我担心在获取数据时发生问题。
我会铭记在心。
测量结束后,用Origin7.0实时绘图点击“完成的扫描”按钮,显示如下数据。
中村先生,你获得了相当不错的数据。
谢谢。但是,基线有上升趋势。这似乎在水-水测量时也如此。这没问题吗?
这种倾斜被认为是由于样品池和参考池的体积并不完全相同,这是系统固有的漂移。然而,在DSC实验中,总是从样品测量的数据中扣除控制测量的数据,因此,如果漂移一致,则相消,无需担心。
因此,数据的好坏取决于这一基线的倾斜一致性。
没错。
如果倾斜不一致,可能是因为泡沫混入了池中?
是的。如果基线重复性差,首先要怀疑泡沫。泡沫的原因可能是池污垢引起的。
保持池干净对ITC和DSC都很重要
是的,保持池干净非常重要。另外,如果缓冲液的成分不同也会导致基线漂移,所以要注意。
还有一个要点。重要的是样品的响应低于控制的响应。这次也是如此。
是的,但…为什么呢?
比较控制与样品溶液,后者因为有蛋白质,所以水分子的摩尔浓度较低。因为水的热容比蛋白质高,所以含量较大的会释放更多热量。
我明白了。如果样品高度超出预期,可能是什么原因呢?
这可能是由于缓冲液成分略有不同所导致的。
那么现在清洗系统并关闭它。
辛苦了。接下来是分析。
好,我会按照手册进行。
哎呀,桌面上没有这个图标……
根据您购买的时间,可能桌面上没有MicroCal, LLC DSC图标,而是有MicroCal Analysis Launcher系统。
请双击该图标,然后从MicroCal Data Analysis Click button to Start中选择VP-DSC。后续操作与手册一致。
顺便问一下,目前有10次扫描的控制数据,我该使用哪个?通常应该使用最接近样品测量的控制数据 ,对吧?
中村先生,您怎么了?
有10次扫描的控制数据,在这种情况下,应该使用最接近样品的第10次扫描吗?
是的。扫描次数越多,重复性越好,因此在这种情况下,第10次扫描就可以使用。然而,如果最后一次控制测量中数据出现尖峰噪声,则可能需要选择前一次测量的数据。
好的,明白了。谢谢。那么样品是第11次扫描,控制是第10次扫描,将会调用这两个文件。
注意) 在软件中显示的是 Kcal/mole, 但应为kcal/mol。
中村先生,分析看来也没有问题。
是的,但有两个ΔH,值接近,但哪个是应该采纳的?
中村先生,这个问题你之前问过吧?
???
这就是卡路里测得的焓变(ΔHcal)与凡特·霍夫焓变(ΔHvh)的区别。
啊,我忘记了!
有v标记的ΔH是凡特·霍夫焓变。这次的数值接近,所以RNase A应该是进行两态转变的蛋白质。
是这样的。在这种情况下,可以使用双态模型进行分析。
顺便问一下,老师。测试套件上有特别注明“数据分析方法:从0开始整合”,这是为什么?
分析软件中有一种功能,可以使用从基线中减去后得出的巅值信息来求焓变和Tm。
补充说明。从0开始整合没有记录在日文简易手册中。当我们进行拟合分析时,先编辑数据,但在基线减去之前的操作未变。在此之后的步骤如下。
哎呀!?Tm和NDH与拟合的值有所不一致!
从0开始整合的Tm是寻找峰顶,而拟合是在拟合得出的峰面积的一半处找温度。NDH也是如此,从0开始整合是实际面积,而拟合的是拟合后的面积(红线数据),因此可能会有一定偏差。拟合结果和测得值之间有些差距,对吧?
是的。顺便问一下,关于这个差异,在哪个范围内被认为是可以接受的呢?
我以前问过Malvern方,他们表示如果SE在2%以内则无碍。
ΔH为1.026E5 cal/mol(1.02 kcal/mol),因此其2%是2052 cal/mol,所以409 cal/mol在可接受范围内。
的确如此。
补充说明。正如之前提到的中村先生的问题一样,测量方可以选择用拟合方法求得参数,也可以不用。对于双态转变的样本,拟合结果和“从0开始整合”的结果通常很接近,因为双态转变的样本通常会得到左右对称的峰形,因此接近峰顶。非双态转变时不一定左右对称,因此面积的1/2不一定是峰顶。重要的是,保持使用相同的方法进行分析和比较。
这种方式,中村先生成功完成了使用测试套件的测量与分析。
下次我们将介绍故障排除与维护。

在下方按钮下载文章中提到的“VP-DSC数据分析步骤”。
(与第一部分中的下载内容相同。)

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